吴自良为人非常谦虚,从不计较个人得失。由于研制“甲种分离膜”属高度机密,他在很长的时间里从未向外界吐露过。1999年,中共中央、国务院、中央军委授予了23位科学家“两弹一星”功勋奖章,吴自良是上海市惟一的受勋人员。
获得奖励后吴自良多次表示,要将‘两弹一星’功勋奖章捐给所里。他说,荣誉是大家的,不是我一个人的,我只是个代表人物。” (其夫人徐仁及儿子吴康琪、吴丹琳完成了他的夙愿,捐赠仪式已于2008年5月29日举行。)
作为吴自良院士的学生和同事,邹世昌院士也提到,“项目得奖以后,他提出要给每一位工作参与者发一个得奖证明,并把奖金平均分配到每一位工作人员。最后还把奖励个人的“两弹一星”金质功勋奖章捐献给了研究所。”