真菌门(Eumycophyta)
也可单独分出卵菌门。
真菌种类多、分布广，通常分为四个纲，即藻状菌纲(Phycomycetes)、子囊菌纲(Ascomycetes)、担子菌纲(Basidiomycetes)和半知菌纲(Deuteromycetes)，大约有10万种，水中、陆地、空气中无处不有。还有很多种类寄生于动、植物或人体中，也有一些与藻类植物或维管植物共生。
真菌门是一类不含叶绿素的异养植物，菌体由一团菌丝构成，称为菌丝体(mycelium)。菌丝是由一个多核细胞(无隔菌丝)或多个细胞(有隔菌丝)组成的分枝与不分枝的细丝状物。构成菌丝的细胞，细胞壁多含几丁质，也有含纤维素的，没有质体，不含叶绿素。真菌的贮藏物质为肝糖、脂肪和蛋白质，不含淀粉。真菌的繁殖方式多样，营养繁殖借菌丝断裂繁殖，无性生殖能够产生各种类型的孢子，有性生殖有同配、异配、卵式生殖等。
真菌门四个纲的主要区别为：
藻状菌纲：不形成真正的菌丝体，如有菌丝体，则菌丝一般无横隔。
子囊菌纲：形成菌丝体，菌丝有横隔，有性生殖时产生子囊和子囊孢子。
担子菌纲：形成菌丝体，菌丝有横隔，有性生殖时产生担子和担孢子。
半知菌纲：形成菌丝体，至今未发现有性生殖，甚至只知其菌丝体而未发现任何孢子。
Ⅰ.藻状菌纲(Phycomycetes)。大部分为有分枝的丝状体，菌丝通常无隔，多核，无性繁殖产生游动孢子和不动孢子。有性生殖有同配、异配、卵配、接合生殖。
黑根霉(Rhizopus nigricans Her)。为根霉属植物，生长于馒头、面包及其它粮食制品上，又称为面包霉。
黑根霉的菌丝体多分枝，无横隔，细胞核多数，菌丝体有匍匐菌丝，称为匍匐枝，匍匐枝与营养基质接触处产生假根吸取养料。黑根霉有无性繁殖和有性繁殖，无性繁殖时于假根处向上产生几支直立的菌丝称为孢子囊柄(sporangiophore)，顶端形成球形膨大产生孢子的囊状物，称为孢子囊，囊中产生孢子，孢子成熟时黑色，散出，在适宜的介质上萌发成菌丝体。有性生殖时，两个不同性别的菌丝体相遇，从其侧面长出短枝形成配子囊，顶端相接处细胞壁消失，原生质融合形成有厚壁的合子，合子休眠和减数分裂后萌发长出不分枝的菌丝，顶端形成孢子囊，孢子囊产生孢子，由孢子再萌发成新个体。
黑根霉可用于淀粉及糖液的发酵、酿酒和制酱。黑根霉能够引起农产品及加工产品的腐烂变质。
匍枝根霉的形态和繁殖
A.生长示意图：1.营养菌丝 2.匍匐菌丝
B.部分菌丝体：1.孢子囊 2.孢子囊梗 3.匍匐枝 4.假根
C.接合过程：1.突起 2.配子囊 3.配子囊柄 4.接合孢子
D.接合孢子萌发和形成：1.接合孢子囊 2.孢子囊柄
根霉属植物的生活史
Ⅱ.子囊菌纲(Ascomycetes)。子囊菌纲植物是真菌门中种类最多的一个纲，约1950属，15000余种，分布广泛，在很多植物体和动物体上都能找到。子囊菌可以引起许多作物病害。子囊菌纲植物多数为多细胞结构，有隔菌丝。无性繁殖时，单细胞种类出芽繁殖，多细胞种类产生分生孢子。有性繁殖时，菌丝体上长出雌性生殖器官，称为产囊体。在产囊体附近形成精子囊，产生精子，受精后，产囊体上产生产囊菌丝，形成子囊，子囊减数分裂形成8个子囊孢子，由子囊孢子形成新的菌丝体，子囊孢子为有性孢子。子囊通常被菌丝缠绕包裹形成子实体(fructication sporophore)或子囊果(ascocarp ascoma)。子囊果有三种类型：盘状的称为子囊盘(apothecium)，有一个狭的瓶口的称为子囊壳(perithecium)，球形无开口的称为闭囊壳(cleistothecium)。
(1)酵母菌属(Saccharomyces)。是子囊菌纲中比较低级的种类，单细胞，有明显的细胞壁和细胞核，通常以出芽形式繁殖。有性繁殖形成子囊，子囊近球形，单细胞，减数分裂后产生4个子囊孢子，或再进行一次有丝分裂后形成8个孢子。
酵母菌和人们生活关系密切，工业上用于酿酒，还可用于生产甘油、甘露醇、有机酸等；生活中用于发面；医药上用于生产生化制剂，如氨基酸、维生素B、腺苷酸等。
酵母菌属
A.单个细胞 B.出芽 C.假菌丝 D.子囊和子囊孢子
1.细胞核 2.液泡 3.芽孢子
(2)青霉属(Penicillium)。植物行腐生生活，生长在腐烂的水果、蔬菜、肉类和各种潮湿有机物上。
青霉属植物菌丝体由分枝的分隔菌丝组成，一部分菌丝伸入基质中吸取养料，另一部分暴露在空气中，一定时候进行繁殖。无性繁殖时，菌丝体形成分生孢子梗，顶端产生分生孢子，成熟时分生孢子飞散萌发形成新菌丝体。分生孢子梗是菌丝体上形成的直立产生分生孢子的枝，分生孢子梗顶端分叉几次，状如扫帚，最顶端的每一小枝上产生一串兰绿色的分生孢子。有性生殖时，菌丝体上长出直立的单细胞分枝，顶端产生雄性生殖器官，称为产囊体，在产囊体附近产生精子囊分枝，围绕在产囊体周围，最后在分枝末端形成一个短的精子囊，顶端贴附在产囊体上，产囊体与精子囊接触处细胞壁溶解，精核进入产囊体，由产囊体上发出产囊菌丝，在产囊菌丝顶端处形成子囊，子囊和不育菌丝形成闭囊壳型子囊果，子囊减数分裂后产生8个子囊孢子，子囊孢子萌发形成新的菌丝体。
青霉属
1.分生孢子梗 2.梗基 3.小梗 4.分生孢子
医学上从青霉属的黄青霉(P.chrysogenum)和点青霉(P.notatun)中提取青霉素。青霉属植物能使水果、蔬菜等腐烂。
(3)白粉菌属(Erysiphe)。寄生生活，专门寄生于被子植物，特别是双子叶植物。菌丝体由许多短的单核细胞构成，在植物体茎、叶、花序、果实表面连成白色蛛网状。菌丝体不插入寄主内部组织，仅以单细胞的吸器插入寄主表皮细胞内吸取养料。无性生殖时由匍匐菌丝产生直立的分生孢子梗，顶端产生分生孢子。有性生殖时产生产囊体和精子囊，融合后产囊体形成闭囊壳型子囊果，产生子囊孢子，萌发形成新的菌丝体。
白粉菌可以造成植物白粉病病害，影响植物生长发育，甚至导致死亡。
(4)其它子囊菌纲植物。麦角菌(Claviceps purpurea)寄生于大麦、小麦、燕麦等子房内形成菌核，称为麦角，有剧毒，含麦角碱，为名贵中药，治妇科病；虫草属(Cordyceps)的冬虫夏草(C.sinensis Sacc.)，寄生生活，名贵中药；羊肚属(Morchella)为腐生菌，名贵食品。
一种羊肚属真菌的营养体
Ⅲ.担子菌纲(Basidiomycetes)。担子菌纲根据有无分隔，分为有隔担子菌亚纲(Phragmobasidiomycetidae),又叫异担子菌亚纲(Heterobasidiomycetidae)或半担子菌亚纲(Hemibasidiomycetidae)(担子通常分隔)和无隔担子菌亚纲(Holobasidiomycetidae),又称同担子菌亚纲(Homobasidiomycetidae)或真担子菌亚纲(Eubasidiomycetidae)(担子通常无分隔)。约有900余属，12000余种。全为陆生，有多种是食用和药用菌，毒菌也不少。营养体均为有隔菌丝，并有初生菌丝体(primary mycelium)、次生菌丝体(secondary mycelium)和子实体(fructication)之分。初生菌丝体是由担孢子萌发产生的单核单倍体菌丝组成，生活时间短；次生菌丝体是由初生菌丝体经质配的双核(n+n)菌丝组成，可生活数年乃至数百年；子实体又称为担子果(basidiocarp)，也有称其为三生菌丝体或繁殖体的，细胞中仍具双核。担子果的形状、大小、质地多种多样。
(1)蘑菇属(Agaricus)。植物种类丰富，营腐生生活，许多种可形成森林树种的菌根部分。有些种类可食，有些种类有剧毒。担子果伞形，由菌盖(pileus)和菌柄(stipe)组成(图10-20)。菌盖腹面为辐射排列的薄片状菌褶(gills)。有些种类的菌柄上有菌环(annulus)，是担子果的内菌幕破裂时形成的膜质结构。即有些种类的幼担子果在菌盖边缘和菌柄相连有一遮盖菌褶的薄膜，称内菌幕(partial veil)。担子果增大发展时，内菌幕破裂，在菌柄上残留的部分就形成了菌环。有些种类在菌柄基部有菌托(volva)，菌托是由外菌幕破裂形成的，即有些伞菌的幼担子果外面整个包围一层膜，称外菌幕(universal veil)，担子果增大发展时，外菌幕被拉破，残留在菌柄基部的部分形成菌托。
蘑菇属植物生活史 (引自周云龙)
菌褶由子实层、子实层基(subhymenium)和菌髓(trama)三部分组成。菌褶的两面均为子实层，主要由无隔担子、侧丝和囊状体(cystidium)(隔胞)组成。无隔担子由双核细胞形成，其发育过程是：首先进行核配，随之进行减数分裂产生4核，同时担子体积增大，顶端产生4个小梗；小梗顶端膨大，各有一核进入，共形成4个担孢子。侧丝是由不育的双核细胞形成的。囊状体是某些种类的子实层中存在的少数大型细胞，其长度可达相邻的菌褶。子实层基是子实层下的一些较小的细胞。菌髓由一些疏松排列的长形菌丝构成，位于菌褶中央。
伞菌目菌摺切面观 (引自张宪省、贺学礼)
A.蘑菇属，无囊状体 B.红菇属，有囊状体
担孢子散落后萌发产生单核的初生菌丝体，很快质配发展出大量的双核次生菌丝体，次生菌丝体经纽结和分化形成新一代的担子果。
(2)其它担子菌纲植物。黑粉菌目(Ustilaginales)，侵害作物，引起黑粉病。绣菌目(Urediales)，寄生于蕨类植物和种子植物体上，引起锈病。银耳目(Trcmellales)的木耳(Auricularia auricula)、银耳(Tremella fuciformis)等的子实体可食用，也可入药。伞菌目(Agaricales)的香菇等可食用，入药能抗癌。多孔菌目(Polyporales)的灵芝(Ganoderma)、猴头(Hericium)等可食用，入药能抗癌。
常见的担子菌纲真菌
Ⅳ.半知菌纲(Deuteromycetes)。半知菌纲植物，一般只知其无性生殖阶段，若发现其有性生殖阶段，则进行重新分类。半知菌纲植物多数为植物病原菌，如稻梨孢(Piricularia oryzae)，引起水稻稻瘟病等。
真菌的许多种类可食用，有较高营养价值，如羊肚菌、木耳、银耳、蘑菇、猴头菌等。还有些种类可以入药，提高人体免疫力，预防和治疗癌症，如冬虫夏草(Cordyceps sinensis Sacc.)、灵芝、蘑菇等。目前已发现具有抗癌作用的真菌有100多种。在农业上有些种类可用于提取生长激素，促进作物生长；有些种类可制造生物农药，杀灭害虫；真菌还可使堆肥腐熟和固氮，增加土壤肥力。酵母菌、曲霉等也用于酿酒和酱油制造工业；有些真菌可以酶解饲料，提高饲料的营养价值。在自然界的物质循环中，真菌对有机物的矿化作用仅次于细菌，在草原和酸性的枯枝落叶层森林中矿化作用远高于细菌。
