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物种是生命存在的基本形式，也是生态系统中生物群落组成的基本单元，因此群落的物种多样性是生态系统结构和功能的决定因素。在一个淡水生态系统中，有作为生产者的浮游植物（藻类）、水生维管束植物和其它大型植物，也有作为消费者的各种浮游动物、底栖动物和鱼类，还有大量主要作为分解者的细菌和其它微生物。在生态系统中，分解者、生产者和消费者之间形成了十分复杂的食物链关系。因此，在一个生态系统中，一个物种的消失，将不仅仅是该物种作为一种生物资源的缺失，更重要的是会对生态系统的结构和功能产生整体的影响，也就是破坏了生态平衡。
由于人类对生物多样性的重要性认识不足，数千年的生产活动或多或少破坏了自然生物多样性的格局，自然资源得不到永续利用，人类自身的生活环境不可避免地受到影响，但我国上千年的淡水养鱼的历史对淡水生态系统的影响却未能引起足够的重视。从唐朝开始，草青鲢鳙就一直是我国淡水养殖的主要品种。草鱼主食水生维管束植物和其它水草，鲢主食浮游植物，鳙主食浮游动物。在自然水体中，水草、藻类、浮游动物与草鱼、鲢、鳙之间形成了一个相互制约的平衡关系。如果在一水体中，大量投放草鱼，不加限制地利用水草，以获取较高的鱼产量。当水草的生物量较少，甚至绝灭后，另一类初级生产者--藻类和利用藻类的次级生产者--浮游动物的生物量就可能迅速上升，那么鲢、鳙的产量也将显著增长。这种利用天然水体生物生产力的手段至今仍然被作为提高鱼产量的重要手段。人们忽略了一点，水草的绝迹，不仅导致许多鱼类的产卵、摄食和栖息场所的破坏，同时也使底栖生物和浮游动物的多样性明显下降，即使是生物量急剧上升的浮游植物，生物多样性指数也明显下降。由于蓝藻的大量繁殖，形成"水华"，并在沿岸堆积发臭，严重影响水质和环境。浮游植物的大量繁殖，引起水体透明度的下降，又抑制了沉水植物的萌发、生长，使水体的生态环境的恶化趋势难以逆转。这种状况在我国许多湖泊，如武汉的东湖、杭州的西湖、南京的玄武湖、昆明的滇池等城市湖泊都曾发生。
最近二十几年来，在自然水体中，生物多样性遭受破坏的另一典型例子是"鱼类小型化"的生态现象。所谓鱼类小型化指的是某些大型水体中天然鱼类区系成分组成的改变，少数性成熟早、个体小、经济效益低的小型鱼类大量繁衍，而许多重要经济鱼类在群落中所占有的比重都明显下降。例如湖北省洪湖，在1959年以前，共有野生鱼类90余种，渔获物中草、青、鲢、鳙、鲤、鳊等经济鱼类占绝对优势。由于兴修水利，江河阻隔，使湖泊中许多必须进入江河流水中产卵的鱼类失去了繁衍后代的基本条件。更严重的由于酷渔滥捕，致使许多经济鱼类，包括一些大型的肉食性鱼类的繁殖群体锐减。在这种状况下，环境使某些繁殖条件粗放，性成熟早、群体内增长率高的小型鱼类提供大量繁衍的条件。据1987年的渔获物统计，鲫、黄颡鱼、红鳍鲌等3种个体重量不超过200克的鱼类约占渔获物的97%，另有70种左右的鱼类在湖中绝迹，大型鱼类已廖廖无几。在长江下游的巢湖、太湖、洪泽湖等湖泊均存在鱼类小型化现象。
 中国淡水鱼种群遗传多样性
生态系统多样性的意义
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